2019年国家卫健委下发《重大传染病防控补助资金管理办法》中第七条，中央财政重大传染病防控补助资金管理，按照中央财政预算法和预算管理有关规定，于每年10月31日前将下一年度补助资金预计数提前下达地方，并在全国人大批准预算后90日内正式下达补助资金预算。省级财政部门在受到中央财政补助资金预算后，应当在30日内正式下达到本行政区域县级以上各级财政部门，并抄送财政部当地监管局。
2021年，财政合计下达192.12亿元，用于扩大国家免疫规划、艾滋病防治、结核病防治、血吸虫与包虫病防治、精神卫生与慢性非传染疾病防治、新冠肺炎等重点传染病监测等6个项目。
早在2019年国家卫健委下发了《重大传染病防控补助资金管理办法》，其中明确要求：重大传染病防控补助资金主要用途，包括加强实验室建设和设备配置能力建设。
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